Markmið laxfiskamerkinga eru margþætt, allt frá því að skoða endurheimtur laxfiska úr sjó með notkun örmerkja, yfir í að skoða farhegðun fiska við fæðuleit, hrygningu, sjávargöngu o.fl. Stöðug þróun er á merkibúnaði sem skapar ný og spennandi tækifæri til rannsókna.
Endurheimtur laxa úr sjó - Örmerkingar Rannsóknir á endurheimtum laxa úr sjó eru stundaðar af miklu kappi, ýmist vegna vöktunar á laxastofnum lykiláa eða sem önnur aðkeypt þjónusta. Lífsferill Atlantshafslaxins er þannig háttaður að seiði dvelja vanalega í 2-4 ár í sinni heimaá áður en þau ganga til sjávar í fæðuleit. Þar dvelur laxinn í 1-2 ár áður en hann snýr aftur upp sína heimaá til hrygningar. Árlega eru gönguseiði lax sem eru á leið sinni til sjávar, svokölluð smolt, merkt með örmerkjum í þeim tilgangi að meta endurheimtur lax úr sjó. Hluti seiðanna eru fönguð í útbúna gildru sem gerir starfsmönnum Hafrannsóknastofnunar kleyft að merkja seiðin af mikilli varkárni og fjarlæga veiðiugga til auðkenningar. Loks er merktum seiðum sleppt á ný og fjöldi þeirra skráður. Vorið eftir gengur hluti seiðanna (smálax) upp sína heimaá til hrygningar og er þá skoðaðar endurheimtur merktra laxa, þ.e. hversu margir merktir einstaklingar skila sér til baka. Hluti lax dvelur tvö ár í sjó og skilar sér þá til baka sem stórlax í sinni heimaá. Auðvelt er að auðkenna merktan lax þar sem veiðiugga vantar. Ýmist er notast við myndavélateljara til að telja fjölda merktra laxa en í þeim ám þar sem ekki eru slíkir teljarar er notast við veiðiskráningu. Ef örmerktur fiskur veiðist skal fjarlæga hausin og koma honum til fiskifræðinga hjá Hafrannsóknastofnun til frekar úrvinnslu.
Árlega eru gönguseiði merkt með örmerkjum í Vesturdalsá í Vopnafirði og í Kálfá í Árnessýslu.
Algengt er að laxaseiði áætluð til seiðasleppinga séu örmerkt. Slíkar merkingar eru helst framkvæmdar á framleiðslustöðvum laxaseiða eða í nálægð við sleppitjarnir. Tilgangur þeirra merkinga er fyrst og fremst að kanna skilvirkni seiðasleppinga með því að skoða veiðihlutföll merktra seiða á móti ómerktum seiðum.
Örmerkingar á vegum Hafrannsóknastofunnar (þá Veiðimálastofnunnar) hófust árið 1974 og síðan þá hefur verið merkt vel yfir 5 milljón laxfiskaseiði.
Merktur lax syndir í gegnum fiskteljara í Vesturdalsá sumarið 2021. Fjarvera veiðiugga sýnir að laxinn hefur verið örmerktur sem gönguseiði. Hlutföll merktra laxa gefur til kynna endurheimtur úr sjó ár hvert.
PIT merki PIT merkier rafeindamerki sem sett er í kviðarhol fisks og nýtast þau vel þess að meta endurheimtur laxa úr hafi en með PIT merkjum má greina einstaka fiska sem endurheimtast. Í Vesturdalsá á Vopnafirði, ein af lykilám Hafrannsóknastofnunnar, eru PIT merkingar framkvæmdar árlega á göngueiðum lax. Skynjarahliðum hefur verið komið þar fyrir á þremur stöðvum í ánni. Hliðin skynja PIT merkta fiska og skrá niður viðeigandi gögn, t.d. raðnúmer fisks og tímasetningu. Með slíkum gögnum er hægt að skoða einstaklingsupplýsingar um göngutíma, vöxt o.fl.
Árið 2019 voru 1001 gönguseiði merkt með PIT merkjum.
Einum af þremur PIT skynjarum er komið fyrir í árfarvegi Vesturdalsár. Laxar merktir með PIT merkjum synda yfir hliðin og skynjarar nema merkin og skrá niður upplýsingar. Með slíkum búnaði er t.d. hægt að fylgjast náið með göngu laxa og hreyfingum einstaklingsmerktra fiska innan Vesturdalsár.
Hljóðmerki Hljóðmerki eru notuð til þess að fylgjast með farhegðun fiska. Hljóðmerkjum er komið fyrir í kviðarholi fiska og þeim sleppt. Merkin senda frá sér hljóð á ákveðinni tíðni sem að hljóðdufl nema, slíkum hljóðduflum er vanalega komið fyrir í árfarvegi eða ósasvæðum áa til þess að fylgjast með farhegðun merktra fiska. Nýlegt dæmi um notkun hljóðmerkja og hlustundardufla er rannsókn á farleiðum laxa og urriða á ósasvæðum Elliðaáa og Leirvogsár. Þessi aðferð hefur sömuleiðis verið notuð til þess að kortleggja ferðir bleikju á ósasvæðum í Vopnafirði.
Staðsetning og númer hlustunardufla í Elliðaárvogi árið 2018. Græn dufl eru utan fyrirhugaðs landfyllingarsvæðis, rauð dufl eru innan þess landfyllingarsvæðis og blátt dufl er í ósi Elliðaá. Skyggði flöturinn sýnir áætlaða landfyllingu samkvæmt skipulagslýsingu deiliskipulags. Duflin námu hljóðmerki frá merktum gönguseiðum svo hægt var að kortleggja leið gönguseiða á haf út. Í þessu verkefni voru taldar litlar líkur á að landfylling hindri seiðin á för þeirra út í sjó.