Ein þeirra aðferða sem notaðar eru til að afla upplýsinga um stofnstærð, útbreiðslu og líffræði botnlægra sjávardýra er kerfisbundin og stöðluð sýnataka með vörpum eða plógum á útbreiðslusvæði dýranna. Slíkir leiðangrar eru farnir árlega á vegum Hafrannsóknastofnunar, þar sem sýnum er safnað á fyrirfram ákveðnum stöðum á sama tíma árs. Niðurstöðurnar eru mikilvægur þáttur árlegrar úttektar Hafrannsóknastofnunar á ástandi nytjastofna við landið. Í stofnmælingum með botnvörpu eru notuð smáriðin net og því fást einnig upplýsingar um magn, ástand og útbreiðslu yngstu árganganna.
Verkefnið Stofnmæling botnfiska á Íslandsmiðum (SMB), oft kallað togararall eða marsrall, hófst árið 1985. Liggja nú fyrir rúmlega þriggja áratuga samanburðarhæfar mælingar á stofnstærð og líffræði helstu tegunda botnfiska á landgrunninu við Ísland. Stofnmæling botnfiska að haustlagi (SMH), svokallað haustrall, hófst árið 1996 og hefur sömu markmið og SMB, en auk þess er lögð áhersla á djúpslóðina til að ná yfir útbreiðslu grálúðu og djúpkarfa.
Stofnmæling hrygningarþorsks með þorskanetum (SMN), svokallað netarall, hófst árið 1996. Fyrstu árin voru hrygningarsvæði þorsks við Suður- og Vesturland rannsökuð, en frá 2002 hefur SMN einnig farið fram á hrygningarsvæðum við Norðurland. Markmiðið er að safna upplýsingum um líffræði og magn þorsks á helstu hrygningarsvæðum.
Þótt stofnmælingar botnfiska gefi í mörgum tilfellum góðar upplýsingar um yngstu árgangana, er svo ekki alltaf. T.d. ná mælingarnar illa til uppeldissvæða ýmissa flatfiska á grunnsævi. Árið 2016 hófst vöktunarverkefni þar sem meta á magn yngstu árganga flatfiska og sílistegunda á grunnslóð.
Frá árinu 1988 hefur Hafrannsóknastofnun farið árlega í stofnmælingaleiðangra á rækju á grunnslóð og í úthafinu í þeim tilgangi að meta stofnvísitölur og nýliðun á mismunandi svæðum. Einnig er metinn aukaafli og fjöldi fiskungviðis og afrán þorsks, ýsu, lýsu og grálúðu á rækju kannað á kerfisbundinn hátt.