Akureyri
Hafrannsóknastofnun hefur starfrækt starfsstöð á Akureyri frá árinu 1990 og felst stór hluti starfseminnar í sýnatöku úr lönduðum afla á Norðurlandi. Starfsstöðin er tengiliður stofnunarinnar við sjávarútveginn á svæðinu.
Starfsstöðvar Hafrannsóknastofnunar eru níu talsins, auk tveggja rannsóknaskipa, sem gerð eru út frá Hafnarfirði.
Hafrannsóknastofnun hefur starfrækt starfsstöð á Akureyri frá árinu 1990 og felst stór hluti starfseminnar í sýnatöku úr lönduðum afla á Norðurlandi. Starfsstöðin er tengiliður stofnunarinnar við sjávarútveginn á svæðinu.
Hafrannsóknastofnun hefur yfir að ráða fullkominni rannsóknastöð á Stað í Grindavík sem starfrækt hefur verið í 30 ár. Stöðin er með um 50 eldisker af mismunandi stærðum og heildarrúmtak þeirra er um 500 m3.
Rannsóknastöðin á Hvammstanga hóf starfsemi árið 2009, í samstarfi við Selasetur Íslands. Einn mikilvægasti þáttur starfseminnar er vöktun á ástandi landssels og útsels við Ísland, en reglulegar talningar eru gerðar úr flugvél.
Starfsstöðin á Hvanneyri er hluti af Ferskvatns- og eldissviði Hafrannsóknastofnunar. Helstu verkefni starfsstöðvarinnar eru þjónustu- og vöktunarrannsóknir í laxám á Vesturlandi og Vestfjörðum, auk þátttöku í margvíslegum grunnrannsóknum á ferskvatnsfiskum.
Starfsstöðin á Ísafirði hefur verið starfrækt í sama húsi síðan 1976. Viðfangsefnin hafa alla tíð verið af margvíslegum toga og endurspeglast nokkuð af viðfangsefnum stofnunarinnar í heild en einnig af því umhverfi sem starfsemin fer fram í.
Starfsstöð á Selfossi hefur verið starfrækt frá árinu 1986. Hún er til húsa í Búnaðarmiðstöðinni við Austurveg. Tveir fastráðnir starfsmenn starfa á Selfossi. Starfsstöðin kemur að öllum þeim helstu verkþáttum sem varðar ferskvatn.
Hafrannsóknastofnun hefur rekið starfsstöð í Vestmannaeyjum frá árinu 1986 og er hún tengiliður stofnunarinnar við sjávarútveginn þar. Gagnasöfnun úr lönduðum afla er veigamikill þáttur í starfseminni, auk ýmsra annara verkefna.
Höfuðstöðvar Hafrannsóknastofnunar eru í Fornubúðum 5, Hafnarfirði. Tæplega 2/3 hluti starfsmanna hefur þar aðsetur og þar eru einnig skrifstofur forstjóra og sviðsstjóra.
Starfstöð Hafrannsóknastofnunar í Neskaupstað er í ysta hluta bæjarins í nýuppgerðu húsi við Bakkaveg 5 sem kallast Múlinn samvinnuhús. Múlinn er skrifstofuklasi sem hýsir ýmis fyrirtæki og stofnanir. Starfsmenn Hafrannsóknastofnunar þar eru tveir og koma að hinum ýmsu rannsóknaverkefnum stofnunarinnar sem þarf að sinna á þessu landshorni.