Við breytingu á lögum um fiskeldi (nr. 71/2008) árið 2014 voru sett inn ný ákvæði um að rekstrarleyfi skuli fylgja burðarþolsmat sem framkvæmt sé af Hafrannsóknastofnun. Í lögunum er mat á burðarþoli svæða skilgreint sem þol þeirra til að taka á móti auknu lífrænu álagi án þess að það hafi óæskileg áhrif á lífríkið þannig að viðkomandi vatnshlot uppfylli umhverfismarkmið sem sett eru samkvæmt lögum nr. 36/2011 um stjórn vatnamála. Hluti burðarþolsmats er að meta óæskileg staðbundin áhrif af eldisstarfsemi.
Meðfylgjandi er greinargerð og mat á burðarþoli Stöðvarfjarðar með tilliti til sjókvíaeldis. Vegna aðstæðna í Stöðvarfirði og varúðarnálgunar varnandi raunveruleg áhrif áætlaðs eldis á vatnsgæði og botndýralíf, telur Hafrannsóknastofnun a‘ hægt sé að leyfa allt að 7 þúsund tonna eldi í Stöðvarfirði á ári. Í þessu mati er gert ráð fyrir að heildarlífmassi í firðinum verði aldrei meiri en 7 þúsund tonn og að vöktun á áhrifum eldisins fari fram. Slík vöktun er forsenda fyrir hugsanlegu endurmati á burðarþoli fjarðarins, til hækkunar eða lækkunar, sem byggt yrði á raungögnum.